Добрый день!
Прежде всего, должен заметить, что слово "дивиденды", которое Вы вынесли в заголовок темы, никакого отношения к выплатам, о которых Вы спрашиваете, не имеет.
Цитата: В начале июня ООО "Б" выходит из состава учредителей и начинает процесс ликвидации.
О чьей ликвидации идет речь? О ликвидации А или ликвидации Б?
Цитата: В заявлении о выходе указано, что ООО "А" должно выплатить ООО "Б" действительную стоимость его доли в имуществе
То, что написано в заявлении большой силы не имеет. Главное, что обязанность выплатить действительную стоимость доли написана в Законе об ООО.
Цитата: Суммы выплат посчитать не сложно.
Действительно. Это соответствующая часть (25%) величины чистых активов на последнюю отчетную дату.
Цитата: С процедурой выплат я не знакома, какие налоги возникают в связи с этими выплатами и кто их должен уплатить/удержать?
Процедура тоже простая:
1. Получили заявление о выходе.
2. Посчитали действительную стоимость доли.
3. Перечислили деньги.
Другое дело - всю сумму перечислять или за минусом налога...
Поскольку речь идет о юридическом лице, то никаких налогов удерживать не надо.
Организация Б, получив деньги от организации А самостоятельно и по правилам главы 26.2 поставит эти деньги в налоговую базу по УСН и самостоятельно заплатит налог.
Успехов!